Mortal Kombat II расширил боевую систему появившуюся в оригинальном Mortal Kombat. Было добавлено несколько простых ударов (удар рукой в сидячем положении). Удар ногой с разворота был сделан более мощным, чем в первой части, и также как апперкот стал запускать противника в воздух. В дополнение к этому все персонажи вернувшиеся из первой части получили новые спецприёмы. В игре также стало больше фаталити (англ. fatality) и были добавлены новые типы добиваний. Также бои стали намного быстрее и плавнее, по сравнению с первой частью. Несмотря на это все персонажи по-прежнему имели одинаковые скорость, силу, высоту прыжка и время пребывания в воздухе. Также все обычные удары тоже были одинаковыми у всех персонажей. Как и в MK бойцы по-прежнему отличались только внешностью, попаданиями ударов и добиваниями. И как в MK боевую систему часто критиковали за однообразие, считая, что ей не хватает глубины.
Как и в предшествующей игре, матчи подразделяются на раунды. Первый игрок, который выиграет два раунда, полностью отняв у противника полоску жизней, считается победителем. Когда у проигравшего игрока заканчиваются жизни, он становится неподвижен и у победившего бойца появляется возможность сделать добивание. В дополнение к фаталити, выигравший игрок теперь может применять бабалити (англ. babality) , френдшип (англ. friendship) и специальные добивания на фонах.
Рейтинговая система по очкам была упразднена и вместо неё стало подсчитываться количество побед.
Персонажи MK2 выглядят больше нарисованными, чем в первой части. Общая тема и стиль игры стали мрачнее, хотя и используют более яркие цвета. Также графическая система в состоянии использовать более насыщенные цвета.
Mortal Kombat II также отошёл от восточной темы первой части, хотя в обоих играх есть общие мотивы, что особенно чувствуется в музыке. Наконец, игра стала менее серьёзной из-за добавления шуточных добиваний.
| 
