Тысячи лет назад Старший Бог Шиннок восстал против остальных Старших Богов и решил использовать молодое Земного Царства, как источник бесконечной мощи. Для этого он создал амулет, который давал ему возможность путешествовать между мирами и не быть замеченным Старшими Богами. Молодой бог Грома и защитник Земли Рейден стал на защиту своего царства и повёл войну против Шиннока. Во время войны с Шинноком была уничтожена целая цивилизация, но Рейдену всё-таки удалось победить. Шиннок был сброшен в Преисподнюю, где и оставался в течение многих тысяч лет. За два года до событий первой игры Mortal Kombat, Саб-Зиро старший помог Куан Чи вернуть амулет Шиннока, и теперь после поражения Шао Кана, Куан Чи привёл в действие свой план по возвращению Шиннока из Преисподней. С помощью предателя из Эдении, Шинноку удалось захватить эту реальность и направить свою Армию Тьмы на Небеса, чтобы уничтожить Старших Богов. Его армии удалось убить большинство богов, но Рейдену и Фудьзину удалось спастись и бежать на Землю, где они собрали лучших воинов Земли, чтобы сразиться с Шинноком и его союзниками. Вражда между Рейденом и Шинноком снова началось, но на сей раз эта битва может быть выиграна смертными.